Amsterdam blijft om verschillende redenen een belangrijke plek voor de activiteiten van Mainline. In de hoofdstad is de hiv- en hcv-prevalentie onder druggebruikers hoog, bestaan lokale drugscenes in de Bijlmer en de binnenstad en zijn tippelprostituees moeilijk bereikbaar voor hulpverlening  door het sluiten van de tippelzone en een strenger politiebeleid.

Amsterdams veldwerk gebeurt onder andere in opvangvoorzieningen van de Volksbond, het Leger des Heils en HVO-Querido, in de verschillende inloop- en gebruiksruimtes van de Regenboog en in Penitentiaire Inrichting de Havenstraat. Daarnaast zoekt Mainline contact met groepen gebruikers die om welke reden dan ook buiten de zorg vallen. Dit ook om zicht te hebben op het risicogedrag van deze gebruikers.  
De werkzaamheden zijn aanvullend op de ketenaanpak maar worden onafhankelijk van de GGD, verslavings- en andere instellingen uitgevoerd.